Кондратюк является воспитанником киевского футбола. Первым профессиональным клубом в его карьере стал бориспольский «Борисфен». В 2006 году футболист переехал в Донецк, подписав контракт с местным «Металлургом». Три с половиной сезона он провел в дублирующей команде клуба, сыграв за это время всего лишь один матч в основе (17 июля 2007 года против «Таврии»).
В 2009 году Кондратюк перешел в «Сталь», в которой сразу закрепился в качестве игрока основы. Однако в последнее время Богдан больше лечился, чем играл. В частности, в нынешнем сезоне он не провел еще ни одного поединка. Срок его контракта с «Полтавой» рассчитан на один год.
